مساله اصلی و اساسی که در ساختار نظام بانکی وجود دارد، ناترازی عمیق در وضعیت دارایی‌ها و بدهی‌های آن است. این موضوع نظام بانکی را در وضعیت هشدار قرار داده که اگر با اقدام دیرهنگام مسوولان ذی‌ربط همراه شود می‌تواند نظام بانکی را به سرنوشت مشابه موسسات مالی و اعتباری گرفتار سازد.
مطابق آمارهای موجود، بین ۴۰ تا ۶۰ درصد دارایی‌های نظام بانکی را دارایی‌های موهومی، غیرواقعی، منجمد و ازکارافتاده تشکیل می‌دهد. به این ترتیب می‌توان به وجود ۱۶۰ هزار میلیارد تومان مطالبات معوق بانکی و وجود ۴۰ درصد تسهیلات تمدیدی اشاره کرد که دارایی‌های بلوکه شده نظام بانکی را تشکیل می‌دهد.
اما در عین حال سپرده‌گذاری در نظام بانکی و سود پرداختی به سپرده‌گذاران رقم بالایی را در طرف بدهی‌های نظام بانکی ثبت کرده است که ارقامی واقعی و غیرموهومی هستند. در شرایطی که سودی از جانب دارایی‌های نظام بانکی عاید بانک‌ها نمی‌شود، این بدهی‌های آنهاست که مسوولیت پرداخت سود سپرده‌های بانکی را برعهده می‌گیرد.به این ترتیب بانک‌ها برای پرداخت سود سپرده‌های بانکی اقدام به جذب سپرده‌های جدید می‌کنند تا سپرده‌های جدید جذب‌شده را صرف پرداخت سود به سپرده‌گذاران قبلی کنند. این مهم نیز جز با بالا بردن نرخ سود سپرده‌های بانکی برای بالا بردن تمایلات سپرده‌گذاران به سپرده‌گذاری در بانک ممکن نخواهد شد.به نظر می‌رسد شرایط کنونی نظام بانکی ریشه در آن دارد که عملیات بانکداری اسلامی به درستی اجرایی نشده است در حالی که مطابق قانون عملیات بانکداری بدون ربا تنها در شرایطی بانک نسبت به پرداخت سود به سپرده‌گذاران مبادرت می‌ورزد که تحت فعالیت‌های بانکی‌اش به کسب سود نائل آمده باشد، اما در نظام بانکی کنونی بانک‌ها ملزم به پرداخت سود سپرده‌گذاری حتی از زیان‌های وارد شده نیز هستند.به نظر می‌رسد یکی از راه‌حل‌های اساسی برای اصلاح ساختار نظام بانکی تشکیل صندوق ذخایر مالی از سوی دولت برای اصلاح ناترازی نظام بانکی است. از سوی دیگر لازم است با تقسیم بانک‌های کشور به دو دسته بانک‌های تجاری و سرمایه‌گذاری، برای هر یک نقش متمایزی تعریف کرد، به طوری که بانک‌های تجاری تنها به ارائه خدمات بانکی و بانک‌های سرمایه‌گذاری نیز به ارائه خدمات سرمایه‌گذاری بر اساس عقود مشارکت مدنی و سرمایه‌گذاری بپردازند. تنها در چنین شرایطی است که بانک‌ها قادر به پرداخت سودهای واقعی به سپرده‌گذاران خواهند بود و فشار وارده برای پرداخت سود از زیان‌های وارده به آنها از بین خواهد رفت.بنابراین می‌توان با قطعیت اعلام کرد که اگر اصلاح جدی در ساختار نظام بانکی انجام نشود، ناترازی دارایی‌ها و بدهی‌های نظام بانکی به زودی آشکار خواهد شد و موجب ریزش و ورشکستگی سیستم بانکی خواهد شد؛ بحرانی که قویا بسیار بزرگ‌تر از آنچه خواهد بود که در جریان ورشکستگی موسسات مالی و اعتباری تجربه شد.