در این نامه آمده است که با توجه به جایگاه حساس سازمان نظام پزشکی در نظام سلامت کشور و اهمیت بررسی دقیق صلاحیت منتخبین این نهاد مهم، احتراماً به استحضار می‌رساند که بر اساس گزارشات واصله و مستندات موجود، موارد متعددی از تخلفات در خصوص جناب آقای دکتر نادر توکلی، مشاهده شده است که بررسی دقیق آنها توسط هیئت محترم نظارت را ضروری می‌سازد.

اسناد این تخلفات شامل واریز مبالغی از حساب دانشگاه به حساب شخصی یکی از اقوام، دریافت و توزیع کارت هدیه و عدم ثبت حسابداری در حساب‌های دانشگاه، استفاده غیرمجاز از بودجه عمومی (بیت‌المال) و هزینه‌کردهای غیرمتعارف، ترک تشریفات‌های متعدد غیرضروری و غیراورژانسی در دانشگاه علوم پزشکی ایران، مهندسی مناقصات در مناقصه خرید خدمات کارشناسی بهداشتی، درمانی و عمومی ستاد و واحدهای تابعه به نفع شرکت شفاگستر آرشیدا و برنده نمودن شرکت مذکور به وسیله تغییر در اسناد مناقصه، اعمال نفوذ و تعارض منافع در انتصابات فامیلی و استفاده از روابط خویشاوندی در تصدی سمت‌های مدیریتی و سازمانی است.