اگرچه مدت مدیدی است سامانه حقوق راهاندازی شده و دستگاهها ملزم به ارائه اطلاعات هستند اما علاوه بر عدم ارائه اطلاعات،حال بین دو دستگاه برای قبول مسئولیت سامانه اختلاف پیش آمده است.
رییس امور مدیریت مشاغل سازمان اداری و استخدامی با بیان اینکه قانون منع بکارگیری بازنشستگان بطور کامل اجرا شده است، مصوبات پیشین مجلس را علت تداوم فعالیت برخی بازنشستگان اعلام کرد.
رئیس امور مدیریت مشاغل سازمان اداری با انتقاد از انتقال سامانه حقوق و دستمزد به خزانه داری گفت: شرط تکمیل کار، اتصال سامانههای حقوق و دستمزد تمام دستگاهها و نهادها به یکدیگر است.