اگر حقابه‌های تالاب گاوخونی تأمین نشود می‌تواند تأثیر منفی زیادی را در این منطقه داشته باشد و حتی تالاب به کانونی از گردوغبار برای اصفهان تبدیل شود پس‌ می‌توان وضعیت تالاب را فاجعه‌ای زیست‌محیطی دانست.